SCI 期刊验证！苏黎世大学使用 ALINX FPGA 开发板实现分子动力学模拟新方案

研究证明，低成本 FPGA 集群能够有效应对计算化学领域长期存在的计算挑战，为科研人员提供了一种高性价比、高性能、高灵活性的分子动力学模拟新方案，让普通研究机构也能负担得起 MD 专用硬件，降低了科研门槛。

（使用?ALINX AX7201?构建高性能分子动力学专用计算机）

选择 ALINX AX7201 的主要原因在于其极高的性价比和强大的互联功能：

核心FPGA：AX7201 搭载了 AMD Artix7 系列 FPGA 芯片 XC7A200T。片上集成了 33650 个逻辑切片、730 个片上 RAM 以及 740 个乘法器，尽管芯片的资源只有高端 FPGA 的 1/20，但它们经过专门配置，能够为每个节点提供高达 220 GFLOPS 的定点运算能力。

成本优势：27 块中端 FPGA 开发板的总成本远低于单一 ASIC 方案，性能却与之媲美甚至超越。且 FPGA 还具有可编程特性，使开发和调试过程更加便捷、经济。

高速互联能力：ALINX AX7201 提供了关键的互联接口，包括?4 个 4Gb/s 光纤接口和?4 个 1Gb/s 以太网接口。其中，6 个接口（4 个光接口和 2 个以太网接口）被用于实现节点间的 3D 环形拓扑互联，以处理 MD 模拟中的周期性边界条件。这种高速互联方式使 MD 算法的核心计算能够完全卸载到 FPGA 集群中，避免了主机计算机在节点间数据传输中成为性能瓶颈。